Dalam membangun teologinya, Aquinas mencoba untuk menghindari dua ekstrem. Di satu pihak adalah dari Averroes, seorang filsuf dan teolog Islam yang hidup satu abad sebelum Aquinas. Bagi Averroes, filsafat Aristoteles adalah klimaks perkembangan filsafat Yunani. Akan tetapi, dalam beberapa topik, filsafat Aristoteles bertentangan dengan teologi Islam. Averroes berpendapat bahwa kebenaran dalam teologi dan kebenaran dalam filsafat sifatnya berbeda. Itu sebabnya, menurut Averroes, apa yang benar menurut filsafat, bisa salah menurut teologi. Sebaliknya, apa yang benar menurut teologi, bisa salah menurut filsafat. Misalnya, menurut filsafat Aristoteles, roh manusia sifatnya tidak kekal. Hal ini benar dalam filsafat karena menurut Averroes, Aristoteles memakai pembuktian secara akali. Sedangkan di dalam teologi Islam, roh manusia dikatakan kekal karena didasarkan pada wahyu Allah. Dengan demikian, bagi Averroes, dua pernyataan yang bertentangan, satu dari filsafat dan satu lagi dari teologi, dua-duanya bisa benar. Aquinas menolak pemahaman semacam ini karena bagi dia, hanya ada satu kebenaran yang berasal dari satu sumber, yaitu Allah sendiri. Kebenaran dalam filsafat mestinya tidak bertentangan dengan kebenaran dalam teologi. Jika bertentangan, filsafat harus ditundukkan di bawah terang teologi.

Di lain pihak, ekstrem lain yang Aquinas hindari adalah pendapat dari kelompok Franciscan pada zamannya, seperti Bonaventura. Sama seperti Aquinas, Bonaventura juga percaya hanya ada satu kebenaran karena hanya ada satu sumber kebenaran, yaitu Tuhan sendiri. Yang berbeda adalah bagaimana Bonaventura mengaplikasikan prinsip ini ke dalam konteks relasi antara filsafat dan teologi. Bonaventura percaya bahwa pengetahuan yang sejati sumbernya adalah iluminasi ilahi. Tanpa pencerahan dari iman, kebenaran yang seseorang pegang bukanlah kebenaran yang sejati. Walaupun ia mengakui bahwa filsafat seperti yang dikemukakan oleh Aristoteles mengandung kebenaran, tetapi itu bukanlah kebenaran yang sejati. Berangkat dari pemahaman ini, Bonaventura tidak memberi tempat untuk Aristoteles dalam teologinya.

Aquinas mengakui bahwa filsafat sifatnya terbatas, bahkan juga mengandung "sisi gelap". Ia juga mengakui bahwa walaupun filsafat memiliki beberapa kesamaan dengan teologi, filsafat juga sering kali berseberangan. Untuk mengatasi fakta ini, Aquinas menolak dua jalan keluar di atas. Ia setuju dengan Bonaventura bahwa filsafat harus ditundukkan di bawah terang iman, tetapi ia tidak setuju dengan Bonaventura bahwa kemudian ia harus membuang filsafat begitu saja. Menurut Aquinas, kedua bidang studi ini mesti dibedakan menurut hakikat (nature) dan ruang lingkupnya (scope). Filsafat dan teologi adalah seperti akal dan wahyu, keduanya tidak bertentangan kalau masing-masing hakikatnya dimengerti dengan tepat. Akal budi manusia pada hakikatnya hanya mendemonstrasikan kebenaran sejauh kebenaran itu berkaitan dengan dunia ciptaan ini. Sementara itu, kebenaran yang berasal dari pewahyuan ilahi yang diterima melalui iman sifatnya melampaui kebenaran yang berasal dari akal budi manusia. Dengan kata lain, bagi Aquinas, sumber kebenaran hanya satu, tetapi cara untuk manusia mencapai pengetahuan, bentuknya bermacam-macam, bergantung pada objeknya. Salah satunya adalah melalui proses berpikir (filsafat), tetapi yang utama adalah melalui pewahyuan (teologi). Asalkan akal budi diletakkan sesuai dengan tempat dan kapasitasnya, baik itu filsafat maupun ilmu-ilmu pengetahuan lainnya, hasil pemikiran akal budi manusiawi dapat dimanfaatkan dalam teologi. Dalam salah satu bukunya, Summa Contra Gentiles, Aquinas berkata, "Cara seseorang menyampaikan kebenaran tidak selalu sama, dan, seperti yang dengan tepat dikatakan oleh sang filsuf [Aristoteles], 'orang yang berpendidikan tahu bagaimana menggapai pemahaman sesuai konteks penyelidikannya.'" Artinya, setiap disiplin ilmu: matematika, biologi, tata bahasa, termasuk filsafat, masing-masing memiliki cara dan batasan pengetahuan yang dapat dihasilkan karena objeknya yang berbeda-beda. Tiap-tiap disiplin ini dapat memberikan sumbangsih pada teologi sesuai dengan kapasitasnya masing-masing.

Jadi, dalam berteologi, akal kita dapat mempelajari kebenaran tentang Allah sebatas, misalnya, tentang keberadaan Allah atau tentang beberapa sifat Allah, tetapi kebenaran-kebenaran teologis lainnya, seperti Allah Tritunggal, letaknya di luar jangkauan filsafat atau daya nalar manusia. Kita menerima Allah Tritunggal sesuai kapasitas akal kita, tetapi kita tidak mendasarkan pemahaman kita tentang Tritunggal pada akal budi kita, melainkan pada wahyu Allah. Aquinas melihat teologi sebagai sebuah pengetahuan (science), sama seperti pengetahuan-pengetahuan lainnya, tetapi teologi sifatnya kudus (sacred science). Teologi memiliki kualitas sebagai ilmu pengetahuan, sama seperti ilmu-ilmu pengetahuan lainnya, tetapi bedanya adalah teologi berkaitan erat dengan iman kita kepada Allah. Teologi adalah seperti "jalan" yang membawa manusia kembali kepada Allah. Teologi membahas tentang Allah dan segala hal yang bersangkut paut dengan Allah sebagai yang memulai (beginning) dan tujuan (end) keberadaan segala hal tersebut. Dalam pembukaan "Summa Theologiae", Aquinas menulis: "Teologi tidak membahas tentang Allah dan ciptaan secara seimbang. Yang pertama dan utama, teologi adalah tentang Allah, kemudian tentang ciptaan sejauh ciptaan bergantung pada Allah sebagai yang mengawali dan yang dituju." Pengetahuan-pengetahuan manusiawi lainnya (filsafat, matematika, seni, dan lain sebagainya) sifatnya berdikari (independent) dan tidak bertentangan dengan kebenaran-kebenaran dalam teologi, tetapi sifatnya terbatas dibandingkan dengan teologi. Bahkan, bagi Aquinas, hanya dari kacamata teologilah seseorang dapat menyatukan kebenaran-kebenaran dalam berbagai bidang studi yang manusia pelajari. Di samping itu, menurut Aquinas, teologi (sacred science) melampaui pengetahuan-pengetahuan (science) manusia lainnya karena hanya teologi yang mencakup aspek kontemplatif dan praktis. Artinya, teologi membawa manusia ke dalam kebenaran-kebenaran abstrak yang sifatnya ilahi, tetapi juga mendorong manusia untuk mengaplikasikan kebenaran-kebenaran tersebut dalam perbuatan hidup sehari-hari. Tidak heran jikalau Aquinas menegaskan bahwa teologi sama dengan hikmat atau wisdom karena hanya teologi yang mempertimbangkan penyebab yang tertinggi (Allah) dan segala ciptaan di dalam relasinya dengan Allah.

Bagi Aquinas, segala filsafat dan ilmu pengetahuan manusia lainnya yang dibicarakan oleh Aristoteles atau para filsuf lainnya bersangkut paut dengan metafisika dalam wilayah dunia ciptaan Allah. Teologi mencoba memberikan penjelasan tentang realitas ciptaan dalam kaitannya dengan Sang Pencipta. Demikian pula, filsafat mencoba untuk memahami dan menjelaskan segala aspek dalam realitas sejauh pengamatan manusia. Cara pendekatan dan sifat pengetahuannya berbeda, tetapi kebenaran hasil pengamatan manusia tidak akan bertentangan dengan kebenaran wahyu ilahi karena sumbernya sama. Demikian pula, Aquinas percaya bahwa segala pengetahuan manusia memiliki tujuan tertinggi (final dan ultimate end) yang sama, yaitu pengetahuan tentang the past Cause itu sendiri. Karena itu, filsafat dan semua disiplin ilmu manusia lainnya perlu dipimpin dan diarahkan oleh teologi.

Barangkali, contoh pemakaian filsafat dalam teologi dari Aquinas yang sangat terkenal adalah lima argumen (five proofs atau five ways) yang Aquinas kemukakan tentang keberadaan Allah. Ia memakai filsafat Aristoteles tentang the first mover, efficient cause, being, teleology, dan the highest good untuk membuktikan bahwa keberadaan Allah dapat dipahami oleh akal manusia. Banyak orang salah mengerti bahwa melalui lima argumen ini, Aquinas membangun teologi di atas dasar filsafat. Kalau kita membaca dengan teliti bagian dalam Summa Theologiae tersebut, kita akan mendapati bahwa Aquinas bukan bermaksud untuk membuktikan keberadaan Allah, dan kemudian di atasnya ia membangun teologi. Yang ia maksud adalah bahwa iman kita kepada Allah bukanlah sekadar "wishful thinking", melainkan dapat dimengerti atau didemonstrasikan secara sah oleh akal sehat. Artinya, Aquinas bukan mengatakan bahwa tanpa lima argumen tersebut, kita tidak dapat memercayai Allah atau bahwa lima argumen tersebut adalah landasan iman kita. Argumen-argumen tersebut adalah sebuah penegasan tentang iman kita. Aquinas hendak menegaskan bahwa iman kita kepada Allah adalah iman yang bisa diuji kebenarannya dengan akal budi manusia. Dengan iman, kita menerima kebenaran yang melampaui akal, tetapi bukan kebenaran itu bertentangan dengan akal manusia. Dalam banyak aspek kebenaran teologi, kita bahkan dapat memakai akal untuk menjelaskan atau mempertahankan iman Kristen. Contohnya adalah lima argumen tentang keberadaan Allah dari Aquinas.

Di bagian lain lagi, Aquinas memakai filsafat Aristoteles sebagai kerangka pemikiran, tetapi mengubah isinya dengan pemahaman dari Alkitab. Di bagian tentang hakikat manusia dan prinsip hidup manusia, Aquinas menerima pendapat Aristoteles tentang prinsip hidup manusia yang sifatnya teleologis, yaitu bahwa setiap perbuatan manusia memiliki makna untuk mencapai tujuan atau kesempurnaan (telos) manusia yang tertinggi yang bukan hanya berbentuk aktualisasi segala potensi (moral maupun intelektual) pada diri manusia, tetapi juga partisipasi di dalam keberadaan Allah sendiri. Kita berusaha untuk berbuat yang baik dan yang benar karena di dalam diri kita ada dorongan untuk menjadi makin lama makin serupa dengan Allah. Bahasa yang dipakai oleh Aquinas adalah bahasa Aristoteles tentang natur manusia yang bersifat teleologis, tetapi isi yang Aquinas berikan dalam kerangka pikir ini sama sekali asing dari Aristoteles. Aquinas memperkenalkan, misalnya, bahwa untuk mencapai telos tersebut, manusia membutuhkan kehadiran anugerah -- sebuah konsep yang sepenuhnya Kristen. Dengan berbuat demikian, ia mendapati bahwa filsafat adalah alat bantu yang efektif untuk menjelaskan tentang Allah dan manusia menurut pola pikir yang dapat dipahami oleh akal budi kita, tanpa mengorbankan isi iman Kristen.